Ngày 09 tháng 10 năm 2015, Thứ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo Bùi Văn Ga đã ký quyết định số 4257/QĐ-BGDĐT phê duyệt Chương trình Đào tạo tiến sĩ toán học xuất sắc tại Viện Nghiên cứu cao cấp về Toán. Đây là một chương trình thuộc Chương trình trọng điểm quốc gia phát triển toán học giai đoạn 2010-2020 có mục tiêu: “Đào tạo tiến sĩ có trình độ nghiên cứu ngang tầm quốc tế. Sau khi tốt nghiệp NCS có khả năng nghiên cứu độc lập, tổ chức nghiên cứu và hợp tác nghiên cứu với các nhóm khoa học trong và ngoài nước theo các đề tài nghiên cứu phù hợp với xu hướng phát triển toán học thế giới và thực tiễn Việt Nam.”
Trong quá trình nghiên cứu và học tập, NCS được các giáo sư nổi tiếng trong và ngoài nước đồng hướng dẫn; được cấp học bổng, hỗ trợ kinh phí nghiên cứu khoa học, hỗ trợ chỗ ở trong thời gian làm NCS tại Viện, được tài trợ đi học tập và nghiên cứu ngắn hạn ở nước ngoài.
Chương trình bắt đầu tuyển sinh và đào tạo từ năm 2016. Xem thêm thông tin tại quyết định số 4257/QĐ-BGDĐT.