Kinh phí năm 2018 Nhà nước cấp: 16,5 tỷ VNĐ.

Kinh phí năm 2017 Nhà nước cấp: 16 tỷ VNĐ.

Kinh phí năm 2016 Nhà nước cấp: 16 tỷ VNĐ.

Kinh phí năm 2015 Nhà nước cấp: 14,18 tỷ VNĐ.

Kinh phí năm 2014 Nhà nước cấp: 14,18 tỷ VNĐ. 

Kinh phí năm 2013 Nhà nước cấp: 15,75 tỷ VNĐ.

Kinh phí năm 2012 Nhà nước cấp: 15 tỷ VNĐ.

Kinh phí năm 2011 (nửa năm) Nhà nước cấp: 4,4 tỷ VNĐ.

Tổng kinh phí NSNN năm 2023 giao cho Viện là 31.890 triệu đồng.
Trong đó:
- Kinh phí giao thực hiện các nhiệm vụ thường xuyên theo chức năng của Viện là 15.600 triệu đồng;
- Kinh phí giao thực hiện các nhiệm vụ của Chương trình trọng điểm quốc gia phát triển Toán học giai đoạn 2021-2030: 16.290 triệu đồng, gồm:
+ Kinh phí sự nghiệp Khoa học và Công nghệ cấp thực hiện các nhiệm vụ của Chương trình trọng điểm quốc gia phát triển Toán học giai đoạn 2021-2030 thực hiện năm 2023: 2.300 triệu đồng.
+ Kinh phí sự nghiệp Giáo dục và Đào tạo cấp thực hiện các nhiệm vụ của Chương trình trọng điểm quốc gia phát triển Toán học giai đoạn 2021-2030 thực hiện năm 2023: 13.990 triệu đồng.