1. Về tổ chức: Mô hình tổ chức của Viện bao gồm
Ban Giám đốc: có nhiệm kỳ 03 năm;
Văn phòng;
Phòng nghiên cứu quốc tế Pháp-Việt về Toán học và ứng dụng (IRL FVMA).
Phòng thí nghiệm Khoa học dữ liệu;
Các nhóm nghiên cứu và cá nhân làm việc ngắn hạn: hàng năm được Hội đồng Khoa học của Viện tuyển chọn đến Viện làm việc.

2. Nhân sự
a) Ban Giám đốc hiện nay gồm 3 thành viên:

• Giám đốc khoa học: GS. Ngô Bảo Châu;
• Giám đốc điều hành: PGS. Lê Minh Hà;
• Phó Giám đốc: TS. Trịnh Thị Thúy Giang.

b) Văn phòng gồm 16 người, trong đó có 1 Phó Chánh Văn phòng, 1 Kế toán trưởng, 11 chuyên viên và 3 nhân viên.